O prédio histórico estava alagado havia 18 dias pelas águas do Guaíba, que chegou ao nível recorde de 5,35 metros (m), em 5 de maio, superando o pico da cheia em 1941, quando atingiu 4,76 m. No local, a cota de inundação é de 3 m. O cenário encontrado após o auge da inundação é de lixo acumulado e estruturas das lojas e mobiliários danificados.
Foi feita a remoção do lodo por meio de hidrojateamento e com auxílio de caminhão-pipa para transporte de água. Quando retomados, os serviços preveem a desinfecção do local. O custo para o governo municipal de toda a operação de limpeza e desinfecção do prédio está estimado em R$ 284 mil pela prefeitura. A estimativa é que a operação dure até cinco dias.
De acordo com a prefeitura de Porto Alegre, após a retomada da limpeza das áreas internas do Mercado Público, em uma segunda etapa, será a vez de os comerciantes do local avaliarem os prejuízos e descartarem resíduos e entulhos com auxílio das equipes do Departamento Municipal de Limpeza Urbana (DMLU). A terceira etapa será desinfecção da área térrea e a limpeza e desinfecção do piso superior.
